Essential Bioinformatics for Global LeadersⅠ 2014年11月19日開講

Prof. Yura
由良教授
Prof. Bashar
Bashar特任准教授
Prof. Gouraud
Gouraud特任准教授
Prof. Yasumura
安村特任講師
Prof. Sato
佐藤特任講師
Prof. Aubert-Kato
Aubert-Kato特任助教

 イノベーションを起こす人材となるための要件は、専門分野において学位を授与されるレベルの深い専門性をもち、物理・数学・情報の異なる専門分野にまたがる新たな課題を見出し解決していくだけの基盤力を有することです。グローバル理工学副専攻では、基盤力強化のためのコースワーク(イノベーション創成基盤科目)を設置しています。
 この度、このコースワークから、Essential Bioinformatics for Global LeadersⅠを開講することになりました。講師は、お茶の水女子大学大学院人間文化創成科学研究科の由良教授およびお茶の水女子大学リーディング大学院推進センターのBashar特任准教授、Gouraud特任准教授、安村特任講師、佐藤特任講師、Aubert-Kato特任助教の6名が担当します。
 この科目は、グローバル理工学副専攻の履修科目になっていますが、博士前期・後期課程に所属する学生で関心のある方は、どなたでも履修することができます。なお、講義は英語で行われます。

本講座の趣旨

    This set of classes let the students grasp the general idea of bioinformatics, its logical background and its application. The students need not to understand the mathematical detail in the field. The classes include practices. This set of classes is open to graduate students in Ochanomizu University and not a compulsory for the leading program students.

講義概要

科目名 Essential Bioinformatics for Global LeadersⅠ [14S1003]
講師 由良 敬 (お茶の水女子大学大学院人間文化創成科学研究科 教授)
Khayrul Bashar (お茶の水女子大学リーディング大学院推進センター 特任准教授)
Sabine Gouraud (お茶の水女子大学リーディング大学院推進センター 特任准教授)
安村 友紀 (お茶の水女子大学リーディング大学院推進センター 特任講師)
佐藤 敦子 (お茶の水女子大学リーディング大学院推進センター 特任講師)
Nathanaël Aubert-Kato (お茶の水女子大学リーディング大学院推進センター 特任助教)
対象 博士前期・後期課程
内容 日時・担当 場所 講義テーマ
11月19日(水)
13:20~16:30
安村、佐藤、
由良
本館
第2演習室
No.123
Basics of molecular biology: [style: teaching and discussion]
Central dogma; Historical aspect of molecular biology; Genome sequencing; Things newly known by molecular biology;
Let the students understand the basic keywords in the field of molecular biology and bioinformatics.
11月26日(水)
13:20~18:10
Aubert-Kato
共通講義棟1号館
ITルーム5 (1F)
Sequence analysis: [style: Computer Practice]
Genome/protein sequence analysis, focusing on DNA/RNA sequence alignment and DNA/RNA/Protein folding.
Let the students use software on their Mac and/or web tools.
12月 3日(水)
13:20~16:30
Bashar
共通講義棟1号館
ITルーム5 (1F)
Image data analysis for biology I: [style: Computer Practice]
Basics of image analysis: Image histogram, linear filtering, histogram equalization, and typical methods in image segmentation, MATLAB programming basics. Practice elementary operations using ImageJ and/or GIMP.
12月 4日(木)
13:20~16:30
Bashar
共通講義棟1号館
ITルーム5 (1F)
Image data analysis for biology II: [style: Computer Practice]
MATLAB programming for image processing; MATLAB image processing library;
Student will implement a problem on image analysis using programming.
12月10日(水)
13:20~18:10
Gouraud
理学部1号館
生物学科第一実習室(5F)
Micro array Analysis I: [style: Teaching and wetlab Practice]
Teaching (90min): Basic concept of the Microarray technique, different applications (qualitative or quantitative analysis…), Advantages and limitations, other alternative methods. One application of the microarray technique: comparative transcriptomic study.
Practice (90 min x 2): Preparation of the samples (RNA extraction + RNA quality and quantity check, RNA transcription and labeling)
12月17日(水)
13:20~16:30
Gouraud
理学部1号館
生物学科第一実習室(5F)
Micro array Analysis II: [style: wet lab Practice]
Labelled cRNA purification, quantification, quality check and
microarray hybridization (O/N).
12月24日(水)
13:20~18:10
Gouraud
【前半】
理学部1号館
生物学科第一実習室(5F)
【後半】
共通講義棟1号館
ITルーム5 (1F)
Micro array Analysis III: [style: Practice]
Washing and detection of the microarray, microarray data analysis with software and discussion over the data.

講義のチラシはこちらからご覧になれます。

履修登録

他の後期開講科目と同様にWeb上で履修登録をしてください。
履修登録期間: 10月 1日 ~ 10月14日
上記登録期間内に登録ができなかった場合には、学生センター棟1階学務課にて「履修登録手続き」(紙ベース)を行ってください。

お問合せ

お茶の水女子大学 リーディング大学院推進センター
Tel: 03-5978-5775 
E-mail: